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Un arrêt maladie qui s’éternise ne coûtera plus la même chose à tout le monde. Publié au Journal officiel du 18 septembre 2026, le décret n° 2026-866 du 16 septembre réécrit l’article R. 323-1 du Code de la sécurité sociale et ramène de trois ans à un an la durée maximale pendant laquelle l’Assurance maladie verse des indemnités journalières à certains malades de longue durée. La règle s’applique à partir du 15 octobre 2026.
Les personnes visées souffrent d’une affection de longue durée dite non exonérante. Il s’agit d’une maladie qui exige des soins prolongés ou un arrêt de plus de six mois, sans ouvrir droit à une prise en charge à 100 % de vos soins. La réforme s’ajoute à une série de tours de vis sur les arrêts de travail engagée depuis la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026. Qui bascule concrètement sous le plafond d’un an, et que se passe-t-il une fois les douze mois épuisés ?
Trois ans ou un an selon la nature de votre affection
Tout se joue désormais sur une distinction que beaucoup d’assurés ignoraient, faute d’effet sur leur revenu. Selon le Code du travail numérique, seules les affections prises en charge à 100 % conservent trois ans d’indemnités journalières, les autres passant à un an :
| Situation | Prise en charge des soins | Durée maximale des indemnités | Nouvelle période |
|---|---|---|---|
| ALD exonérante (liste de l’article D. 160-4, affection hors liste reconnue, polypathologie) | 100 % de la base de remboursement | 3 ans | Après 1 an de reprise |
| ALD non exonérante, arrêt relevant du nouveau régime | Taux habituels | 1 an | Après 1 an de reprise |
| ALD non exonérante déjà reconnue au 15 octobre 2026 | Taux habituels | 3 ans, ancien régime | Au terme de la période protégée |
| Maladie hors procédure ALD | Taux habituels | 360 indemnités sur 3 ans | Règles ordinaires |
La liste des ALD exonérantes compte une trentaine de pathologies, parmi lesquelles le diabète, les affections psychiatriques de longue durée ou les accidents vasculaires cérébraux invalidants. Le plafond s’apprécie sur une période de référence de trois ans, et une reprise du travail d’au moins un an reste la seule façon d’ouvrir un nouveau droit pour la même maladie. Reste à savoir à partir de quel arrêt la règle vous rattrape.
Les arrêts concernés à partir du 15 octobre 2026
Le décret organise une entrée en vigueur par étapes, qui ménage les dossiers déjà engagés. La date de votre arrêt et votre situation au 15 octobre décident du régime applicable :
- les arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026 relèvent entièrement du plafond d’un an ;
- les arrêts déjà en cours basculent dans le nouveau régime lorsque l’incapacité de travail atteint six mois après le 15 octobre ;
- les assurés dont l’ALD non exonérante est déjà reconnue au 15 octobre gardent l’ancien plafond de trois ans jusqu’au terme de leur période ;
- les travailleurs indépendants, les fonctionnaires de l’État et les magistrats suivent la même logique, adaptée par le décret n° 2026-867 du même jour.
Pour un arrêt proche de la date pivot, le nombre de mois écoulés ne suffit pas à trancher. L’Assurance maladie rappelle que la poursuite des indemnités au-delà de six mois suppose l’accord de son service médical : c’est la reconnaissance effective de la procédure de l’article L. 324-1 qui fait foi. Cette mécanique a un objectif budgétaire assumé par le gouvernement.
Une réforme dictée par le coût des arrêts longs
Les chiffres de la Caisse nationale de l’Assurance maladie éclairent le choix du ministère. En 2023, les indemnités journalières liées aux ALD non exonérantes ont représenté 3,17 milliards d’euros pour 401 000 arrêts, avec un nombre d’arrêts en hausse de plus de 6,4 % par an, contre 0,9 % pour les ALD exonérantes. Le même décret autorise depuis le 19 septembre la caisse à sanctionner un assuré qui obtient des arrêts non justifiés par son état de santé.
Le gouvernement présente la mesure comme un levier de retour à l’emploi plutôt que comme une économie sèche. En 2024, selon le ministère de la Santé, plus de 13 000 assurés se sont vu prescrire des arrêts par cinq généralistes différents, pour une moyenne de 12,4 jours par prescription. La ministre a défendu la réforme lors de la publication des textes :
Pour que l’arrêt de travail longue durée ne soit pas la seule réponse apportée de la collectivité face à ces pathologies, je suis convaincue qu’il faut investir dans les parcours de réadaptation et de réhabilitation.
Stéphanie Rist, ministre de la Santé, lors de la publication des décrets au Journal officiel, le 18 septembre 2026
Les généralistes de MG France ont contesté cette logique, en rappelant qu’une fin d’indemnisation ne fait pas disparaître l’incapacité. Le décret ne réduit en effet pas la durée d’un arrêt prescrit, déjà encadrée depuis le 1er septembre par la limitation des prescriptions initiales à 31 jours. Il réduit la période pendant laquelle vous êtes payé, ce qui pose la question des relais une fois l’année écoulée.
Après douze mois d’indemnités, les relais possibles
La fin des indemnités journalières ne vaut ni guérison, ni aptitude au poste, ni pension automatique. Le temps partiel thérapeutique offre une première issue : l’article R. 323-3, modifié par le décret, permet de percevoir des indemnités jusqu’à un an au-delà de la période maximale, à condition de reprendre effectivement une activité réduite.
La pension d’invalidité obéit à ses propres critères. Pour un salarié, elle suppose notamment une réduction d’au moins deux tiers de sa capacité de travail ou de gain, examinée par le médecin-conseil. Avec un plafond ramené à douze mois, cette demande arrivera deux ans plus tôt qu’auparavant, avec un risque réel de rupture de ressources pendant l’instruction du dossier, période où l’assuré ne perçoit ni indemnités ni pension.
Votre contrat de prévoyance, individuel ou d’entreprise, mérite une relecture attentive. Le maintien de salaire légal de l’employeur est limité dans le temps selon l’ancienneté, et aucun dispositif ne prend le relais de façon uniforme au treizième mois : tout dépend de la convention collective et des garanties incapacité souscrites. L’assurance de votre prêt immobilier, dont les garanties d’invalidité ont été harmonisées au 1er septembre 2026, suit en revanche ses propres définitions, fixées au contrat. Le décompte opéré par la caisse peut, lui aussi, se discuter.
Contester le décompte de la caisse
Le calcul de la durée d’indemnisation est une source fréquente de litiges, et le passage à un an va les multiplier. Dans un arrêt du 29 janvier 2026 (pourvoi n° 23-18.538), la Cour de cassation a jugé que seules les indemnités versées au titre de l’ALD s’imputent sur la durée maximale : un arrêt pour une autre pathologie ne doit pas entamer votre compteur.
Pour contester, vous disposez de deux mois à compter de la notification pour saisir la commission de recours amiable de votre caisse, en application de l’article R. 142-1. En cas de rejet, le pôle social du tribunal judiciaire peut être saisi dans un nouveau délai de deux mois, avec la possibilité de demander une expertise médicale sur le lien entre vos arrêts et l’affection reconnue.
Une frontière administrative qui pèse désormais sur le revenu
Le classement d’une maladie en ALD exonérante ou non exonérante relevait jusqu’ici du remboursement des soins, un sujet de quelques euros par consultation. Au 15 octobre, il décidera de deux années de revenu de remplacement, ce qui donne un poids nouveau au protocole de soins rédigé par le médecin traitant et à la reconnaissance d’une affection hors liste.
Pour les salariés déjà fragilisés par une maladie chronique, la question ne se pose plus seulement le jour de l’arrêt. Elle touche le contenu du contrat de prévoyance, la durée des garanties incapacité et la place que l’employeur et le médecin du travail accordent à une reprise aménagée. Ce qui était un filet de trois ans devient une fenêtre de douze mois, et c’est pendant cette année, bien avant la dernière indemnité, que se prépare la suite.
